《巨商2》是以16世纪西班牙、葡萄牙、英国等欧洲列强前往非洲和亚洲以及未知新大陆开拓的“大航海时代”为背景，玩家可以扮演与充满个性的伙伴们一切到广阔的世界冒险、活跃世界经济的外贸商人，或者在所属城市和行会经商的经营者，也可以作为探险家探索新大陆。由于是以大航海时代为背景，游戏的舞台便扩展到了全世界，游戏也将会更加强调挑战、冒险和文化交流等要素。在探索新大陆的冒险过程中经常会发生一些不可思议的事件，例如地下世界里秘密开发的各种兵器，历史书里都没有记载的传奇人物和各色文明。前作中玩家的活动地点仅限于朝鲜、日本、中国、中国台湾这4个国家和地区，而本作则是从1502年左右的欧洲开始，最初的舞台是英国、葡萄牙和西班牙，游戏中的6位主人公是因为探索新航线发现新大陆而著名的西班牙探险家哥伦布的传人，目前公开的有其中3名。

　　《巨商2》的故事是从哥伦布死后开始的，哥伦布的死充满疑问，似乎与秘密势力的细密计划有关。而能够揭开谜团的是哥伦布生前留下的信件和航海日记。6名主人公从哥伦布的日记中发现了哥伦布对自己的死的预测，以及秘密势力的描写。作为接班人的几位主人公要踏着哥伦布未完成的道路，在全世界一边探索一边寻找隐秘的情报，将秘密势力的阴谋公诸于众。